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Résistance aux antibiotiques : Le rôle de l’utilisation des sols dans les résistances aux antibiotiques

 

La résistance aux antibiotiques constitue un problème majeur de santé publique. Les sols représentent une source de résistance potentielle qui questionne les pratiques agricoles. Le risque réel en découlant pour l’utilisation clinique reste néanmoins indéterminé. Le projet "Résistance aux antibiotiques" a étudié les gènes de résistance dans les sols suisses et l’influence des méthodes d’exploitation sur la diversité microbienne.

Contexte (projet de recherche terminé)

Les sols, notamment ceux sur lesquels du purin est épandu, sont soupçonnés d’être une source de résistance aux antibiotiques. Bien que les études antérieures aient porté sur très peu de sites et de gènes, une relation a été établie entre les sols et les risques pour la santé. Pour permettre une agriculture durable et une politique efficace en matière d’antibiotiques, une compréhension approfondie des conditions modulant l’abondance des gènes de résistance dans leur environnement microbien en fonction des conditions environnementales est nécessaire.

But

Le but du projet était de décrire la diversité des gènes de résistance aux antibiotiques dans des sols agricoles suisses typiques et d’évaluer les effets des méthodes d’exploitation sur la dynamique de résistance.

Résultats

Les méthodes de séquençage et d’analyse de l’ADN total dans les sols ont été optimisées afin d’obtenir le métagénome pour l’agriculture conventionnelle et biologique, ainsi que les écosystèmes naturels. Il a été procédé à une évaluation hiérarchique de l’influence des propriétés et des modifications des sols sur la résistance aux antibiotiques.

Différents gènes de résistance sont certes naturellement présents dans les sols suisses. Néanmoins, ils ne sont ni cliniquement pertinents, ni très abondants. L’amendement accroît leur présence mais cet effet n’est que temporaire dans la mesure où ils sont lixiviés au bout de quelques jours et où leur taux revient ensuite à la normale. L’exploitation agricole n’exerce qu’un faible impact sur les gènes résistants aux antibiotiques ou les communautés microbiennes importantes pour les fonctions clés du sol.

Signification

Les informations qui permettraient une évaluation scientifique du lien existant entre la résistance aux antibiotiques dans les sols et la santé publique sont insuffisantes. Le projet fournit des données sur la diversité biologique des gènes, la dynamique de résistance et les effets exercés par l’agriculture. Elles peuvent être utilisées afin d’élaborer des stratégies de minimisation des risques et des directives pour l’épandage des engrais organiques.

Titre original

Protecting soil as a safe resource: Antibiotic resistome metagenomics and impact of land use on resistance dynamics

Directrice/directeur du projet

  • Dr Brion Duffy, Haute école des sciences appliquées de Zurich (ZHAW), Wädenswil
  • Dr Theo Smits, , Haute école des sciences appliquées de Zurich (ZHAW), Wädenswil

 

 

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 Contact

Dr. Brion Duffy Institut für Umwelt und Natürliche Ressourcen
Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften
Grüental, Postfach 8820 Wädenswil +41 58 934 50 00 brion.duffy@zhaw.ch

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